В день празднования 200-летия А.С.Пушкина, 6 июня 1999г., музей-квартира поэта на набережной р. Мойки 12 вновь распахнул гостям свои двери. Около года понадобилось на очередную его реставрацию, частичную реконструкцию и благоустройство внутренних территорий. В это же время проводилась полная реконструкция набережной р. Мойки от Конюшенной площади до Певческой капеллы, включая реставрацию фасадов зданий.
Пожалуй, впервые за всю историю этого здания, построенного еще в 1720х годах, выполнена столь обширная программа ремонтно-реставрационных работ. Со временем дома, как и людей, поражают тяжелые, о часто и неизлечимые недуги. Немало таких накопилось и у здания музея. Например, здесь долгое время не удавалось избавиться от периодических затоплений подвалов при подъеме вод реки Мойки. Чтобы покончить с этим, специалисты фирмы "Подземст-ройреконструкция" провели в 1993г. обследование, затем устроили дренажную систему с автоматической откачкой воды в аварийных случаях, нанесли гидроизоляционное покрытие но стены подвала и выполнили противокапилярную изоляцию кирпичной кладки. В феврале 1999г., по завершении гидрозащитных и ремон-тно-отделочных работ, в цокольном этаже здания разместились гардероб и служебные помещения музея.
Излишне подчеркивать, что реставраторы и строители разных специальностей одновременно работали во всех помещениях музея, преодолевая возникающие трудности. Из-за ремонтных работ на набережной р. Мойки проезд транспорта к музею был надолго закрыт и все необходимые материалы и оборудование приходилось доставлять буквально на своих плечах...
Каким сегодня увидят гости нош музей? Приближаясь к нему, они по достоинству оценят искусную работу строителей, обратив внимание на изящные металлические ворота и козырьки соседних зданий - у дома №14 (дом Пущина) они отреставрированы, а для других сделаны заново специалистами фирмы "Мотис".
Слово благодарности заслужили мастера-реставраторы и отделочники фирмы "Ника". Их руками произведены общий ремонт и реконструкция многих помещений, включая квартиру А.С. Пушкина, обновлены и отвоскованы паркетные полы и отреставрированы окна.
На втором и третьем этажах левого крыла здания до недавнего времени были неудобные служебные помещения, а теперь в новых залах размещено долгосрочная экспозиция, посвященная жизни и творчеству поэта , дополненная экспонатами, хранившимися в запасниках музея. Это стало возможно благодаря архитекторам фирмы "M'APT". Частично измененная по их проекту планировка помещений позволила создать анфиладу залов, оформление которых, гармонируя с общим стилем выставки, строго соответствует тематике каждого из них. Здесь царит атмосфера покоя, внутренней сосредоточенности и трепетной, глубокой причастности зрителя ко всему увиденному. Здесь нет случайных деталей оформления, продумана каждая мелочь: появились специальные подиумы для наиболее ценных экспонатов; использовано пространство ниш, где когда-то были двери; точно выбраны цветовая гамма интерьеров, форма экспозиционных стендов и даже расцветка ром для картин. Все это подчинено главной идее создания целостного образа творества поэта во всем многообразии его связей с эпохой.
Через руки реставраторов фирмы "Надежда" прошли многие экспонаты выставки. Обновленные подсвечники и люстры, канделябры и рамы для картин, предметы мебели и книги заняли свое место в экспозиции. А новые светильники, созданные по специальным проектам, украшают теперь парадные лестницы. На втором этаже музея появились два новых зала. Фирма "Томадекс" предложило передвижную конструкцию шкафов гардероба - и теперь верхнюю одежду многочисленных гостейможно поместить в небольшой комнате. Аналогичное оборудование вводится и для фондов музея.
В здании Бироновых конюшен но первом этаже гостей ждет уютное кофе, интерьер которого выполнен мастерами 000 "Спецбытмонтаж" в строгом классическом стиле, поддерживающем атмосферу прошлого веко. А в бывшем лекционном золе на втором этаже появился концертный зал, не уступающий по техническому оснащению современным театром. При реконструкции этого помещения немало трудов приложили специалисты фирмы "Ладога". С помощью железобетонных конструкций было сделано новое основание сцены и пола зрительного зало; его уклон дает возможность с любого места видеть происходящее на сцене как но ладони. Удачное оформление концертного зала - паркетный пол из натурального дуба, гармоничная цветовая гамма отделки сцены, кресел и стен - создает атмосферу уюта и праздника, необходимую для проведения творческих встреч...
Музей полностью преобразился: все его помещения отремонтированы, за исключением библиотеки, фонды которой некуда было переместить на время ремонта. Юбилейные торжества уже позади, а музей-квартира на Мойке 12  радушно принимает сегодня все новых и новых  гостей.